Già detta “Santa Maria delle Grazie” fu fatto costruire dai cavalieri di San Giovanni in Gerusalemme nel 1490 vicino l’ospedale per l’accoglienza dei pellegrini. La chiesa ebbe all’origine pianta ottagonale con le porte di accesso al posto dei due altari laterali; questo primo edificio costituisce la zona absidale dell’attuale chiesa. Nel 1509 i confratelli della compagnia di Santa Maria delle Grazie, in seguito all’aumento dei devoti, ottennero il permesso di ampliare la chiesa. Furono così abbattute le due pareti dell’ottagono verso il lato settentrionale dell’edificio, per aprire la via alla grande navata e alle sei cappelle laterali. Dal 1533 al 1579 i lavori, quasi finiti, vennero interrotti per difficoltà economiche. La ripresa venne propiziata dall’apporto finanziario dell’Ordine servita che alla fine del Cinquecento si stabilirono in questo luogo. Nel 1692 inizia la costruzione di un nuovo convento per i frati. La struttura attuale della chiesa, si può ritenere, nella sostanza, del tutto simile a quella che i frati ebbero in consegna nel 1660. La Facciata è la parte più rimaneggiata per esservi stata poggiata nel Settecento l’ala di fabbricato che collegava il convento dei frati alla chiesa stessa. Il portale contiene elementi rinascimentali e manieristici, nel timpano c’è un’imitazione in pietra dell’affresco primitivo della Madonna delle Grazie fatta dallo scultore Giovanni da Orvieto commissionata nel 1579. La parete di destra è movimentata da sei lesene con capitelli di ordine corinzio. Sulla parete di sinistra vi è poggiato il campanile, costituito da una semplice torre a pianta quadrata su tre piani. Dopo la costruzione del coro collocato dietro l’abside della chiesa, fu creato un lungo corridoio poggiante su questa parete per collegare il coro con il convento dei frati. Il resto della parete è di difficile lettura stante la presenza delle mura urbiche e del bastione della Porta Romana. All’interno un affresco della metà del Trecento rappresenta la Vergine in trono col Bambino. Attualmente si trova nella cappella a sinistra dedicata alla Madonna delle Grazie, inizialmente si trovava sulla parete dell’Ospedale dei Cavalieri di San Giovanni di Gerusalemme. Nel 1933 e poi nel 1990 l’affresco fu sottoposto ad un generale restauro. Inoltre nella chiesa si venerano le spoglie di San Filippo Benizi, nobile medico, collocate sotto l’altare maggiore in una moderna urna di metallo. Le spoglie vennero traslate dal vescovo Angelo Cesi il 21 settembre 1599 dal complesso conventuale di san Marco, ora monastero di San Francesco.