Collocato presso la chiesa di San Giovanni ed i due locali attigui del Monastero delle Lucrezie  è stato realizzato nel 2009 per ospitare la collezione di materiali lapidei di proprietà comunale, la cui formazione risale addirittura agli inizi del XVI secolo. La raccolta è organizzata in due grandi sezioni cronologiche relative rispettivamente all'età romana e all'età medievale e moderna. Nella prima sono esposti elementi appartenenti a monumenti funerari, che documentano sia la presenza di necropoli che l'esistenza di diverse tipologie di sepolture: tombe monumentali con fregi dorici a metope e triglifi, are marmoree, urne cinerarie e lapidi contenenti la dedica al defunto. Di particolare rilievo un'ara funeraria in marmo bianco reimpiegata come acquasantiera, proveniente dalla chiesa di San Giovanni d'Acquaviva lungo la strada Todi-Baschi; un altare funerario della seconda metà del I sec. d.C. in marmo bianco  rinvenuta in località San Damiano; una meridiana in marmo rinvenuta in località Ponte Rio datata al I-II sec. d.C.; un sarcofago strigilato con protomi leonine ed un sarcofago “del buon pastore” datato al IV sec. d.C. rinvenuto all'interno dei resti dell'antica chiesa dei Santi Giovanni e Paolo de Platea, sotto l'attuale Piazza Garibaldi. La seconda sezione ospita elementi decorativi e sculture originariamente destinati ad ornare i principali luoghi di culto della città, mentre stemmi, iscrizioni, campioni di misura, lapidi funerarie rappresentano un ampio spaccato sociale del tempo e testimoniano figure importanti ed istituzioni dell'ambito civile e di quello religioso che si sono alternate nel governo della città sia in età comunale che in età pontificia. Si segnalano tra le altre una interessantissima scultura raffigurante San Giovanni Battista attribuita ad un artista dell'ambito di Andrea Bregno (fine XV-inizi XVI secolo), proveniente dalla chiesa di Santa Maria delle Grazie, oggi di San Filippo Benizi; un bel busto del Salvatore in marmi policromi di scuola fiorentina della fine del XVI-inizi del XVII secolo, originariamente collocata presso la chiesa di San Salvatore; i tre imponenti stemmi in travertino un tempo collocati sulla facciata del Palazzo dei Priori, poi del Governatore pontificio, e appartenenti rispettivamente al papa Giulio III, al cardinale Giulio Montefeltro della Rovere e al vescovo Luigi Ardinghelli, che furono staccati nel 1798 all'epoca della Repubblica Romana dai giacobini tuderti in quanto simboli del potere papale. Di notevole interesse la lapide con iscrizione proveniente dal castello di Pontecuti datata al 1248 che ricorda i lavori realizzati per la costruzione del ponte omonimo, e l'iscrizione, probabilmente proveniente dalla chiesa di Sant'Andrea, contenente il famoso “quadrato magico del sator” (SATOR AREPO TENET OPERA ROTAS), la più famosa struttura palindroma che da secoli attrae gli studiosi a causa della sua controversa interpretazione.

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