Il museo riassume la storia della città tuderte, mostrando e catalogando oggetti rinvenuti in città e nei dintorni, tra cui una lastra marmorea datata X-XI secolo con l’effigie di San Fortunato, del Cristo Redentore e San Cassiano, poi un plastico in legno attribuito a Ventura Vitoni e raffigurante il tempio della Consolazione risalente al 1571, nonché la sella di Anita Garibaldi. La sezione archeologica ospita ceramiche (stile greco) che attestano gli scambi commerciali tra Todi e Orvieto, oggetti in bronzo tra cui la copia del prezioso Marte di Todi, statua risalente al V sec a.C. e rinvenuta nel 1835 vicino il Convento di Montesanto (originale custoditi ai Musei Vaticani di Roma). La sezione numismatica vede esposte monete preromane, greche, romane, ostrogote, bizantine e medievali. La sezione ceramica è stata decorata a partire dal  1600 fino al 1900 con opere realizzate da Pier Paolo Sensini e Ignazio Mei. Infine la sezione tessuti e la Pinacoteca dove si può ammirare l’Incoronazione della Vergine di Giovanni di Pietro detto lo Spagna (discepolo del Perugino) ed opere di Ferrau Fenzoni detto il Faenzone che lavorò molto a Roma per Papa Sisto V.